Die HAUPTORGEL der ehemaligen Zisterzienser-Klosterkirche St. Mariä Himmelfahrt des Klosters Fürstenfeld wurde 1736 von Johann Georg Fux gebaut. Da das Instrument noch weitgehend unverändert erhalten ist, gilt es als eines der bedeutendsten Denkmäler des barocken Orgelbaus in Bayern. Fux bezog einige Register und Windladen aus der Vorgängerorgel ein, die auf 1629 zurückgehen. Bemerkenswert sind die hölzernen offenen 32'-Pfeifen in den äußeren Feldern des Prospekts, die versilbert und mit Fratzen bemalt sind. Die Hauptorgel ist eine der größten Barockorgeln in Bayern, obwohl sie nur 27 Register enthält, die auf zwei Manuale und Pedal verteilt sind.

Josef Zeilhuber schuf 1948 die zweimanualige MARIENORGEL mit 25 Registern.

Regelmäßig finden FÜHRUNGEN zur historischen Orgel statt.

In der Vorgängerkirche stand eine einmanualige Orgel, die 1629 von einem unbekannten Meister gebaut wurde. Vor dem Kirchenneubau wurde sie 1702 abgebaut und - leider unsachgemäß - eingelagert. Davon zeugen Vogelkotflecken auf den historischen Prospektpfeifen.

Beim Neubau verwendete Fux Windladen, einige Register und Chöre aus dieser Vorgängerorgel, die die sogenannte "gebrochene Oktave" aufwies: Hierbei fehlen die im 18. Jh. wenig benutzten Halbtöne C# und D# in der untersten Oktave, um große Pfeifen einzusparen. Fux baute - vermutlich aus Kostengründen - die neue Orgel sogar noch spartanischer auf der “kurzen Oktave”, wo zusätzlich F# und G# fehlen. Die neue Orgel mit zwei Manualen und 27 Registern wurde am 14. August 1736 geweiht.

Den Prospekt schuf Johann Georg Greiff. Mit 15,30 m Höhe und 11,5 m Breite zählt er zu den größten in Bayern. In ihrer äußeren Erscheinung formt die Orgel ein überdimensionales "M" - eine Reminiszenz an die Gottesmutter Maria, die der Zisterzienserorden besonders verehrt.

Außer dem Zungenregister "Trompas" im Pedalwerk besitzt die Orgel nur Labialregister. Die hölzernen Prospektpfeifen des 32′-Registers „Gross Portun“ sind versilbert und scheinen auf den ersten Blick aus Metall zu bestehen. Dies war eine gängige Sparmaßnahme in der Barockzeit, da die riesigen Metallpfeifen sehr teuer gewesen wären. Orgelbauer Fux hatte keine Erfahrung mit offenen 32' Pfeifen und hat sich daher offensichtlich bezüglich der Windmenge und der Wandungsstärke verrechnet. Bis zur Restaurierung im Jahr 1978, als Orgelbauer Hubert Sandtner für mehr Luftzufuhr sorgte, war der "Gross Portun" fast stumm.

1850 ersetzte Max Maerz drei Register in 16'-Lage: Violon, Trompas und Subpas.

Um die Orgel auf die heute gebräuchliche Stimmtonhöhe zu bringen, hängte Leopold Nenninger 1915 die Traktur um einen Halbton nach unten um und baute zu jedem Register die tiefste(n) Pfeife(n) dazu. Außerdem stimmte er die Orgel gleichstufig. Leider lässt sich die ursprüngliche Stimmung wegen der zahlreichen Veränderungen am Pfeifenwerk nicht bestimmen.

In den Jahren 1977–1978 wurde die Orgel von Orgelbau Sandtner restauriert. Dabei wurden einige Register und die komplette Windanlage rekonstruiert, die bei vorherigen Umbauten ersetzt worden waren. Vier große Keilbälge mit Handbetrieb versorgen jetzt die Orgel, es gibt aber auch ein elektrisches Gebläse. Gleichstufige Stimmung und die Stimmtonhöhe wurden beibehalten. Eine erneute Restaurierung mit Rückführung in den mutmaßlichen Ursprungszustand ist in Planung. Im Herbst 2017 erfolgte durch die Firma Linder aus Nussdorf eine umfangreiche Bestandsaufnahme im Vorfeld der gewünschten Restaurierung, die viele neue Erkenntnisse brachte und die bisher kolportierte Geschichte des Instruments in einigen Punkten neu beleuchten konnte.

II Hauptwerk

* ganz oder teilweise aus der Orgel von 1629/30

+ Register rekonstruiert anhand der vorhandenen Rasterbretter, Hubert Sandtner 1978

° neu von Max Maerz 1850

Von 1923–1951 weilten Benediktiner vom Kloster Ettal im Kloster Fürstenfeld. Da sie sich ein Instrument für das Chorgebet wünschten, stiftete ein Fürstenfeldbrucker Geschäftsmann die Chororgel. Sie wurde 1948 von Josef Zeilhuber gebaut und sollte auf Wunsch des Stifters den Namen „Marienorgel“ tragen. Sie hat laut Disposition 25 Register auf zwei Manualen und Pedal. Zwei davon (die Zungenregister Schalmey 4′ und Lieblich Posaune 16′) wurden aus Kostengründen erst einmal nicht eingebaut. Letztere fehlt bis heute. Der Spieltisch ist im Chorgestühl integriert. Das Hauptwerk der Orgel befindet sich unsichtbar dahinter, Oberwerk und Pedalwerk eine Etage höher auf einem der südlichen Oratorien. Eine kleine Restaurierung erfolgte 2002–2003 durch Christoph Kaps, München, der auch ein historisches Zungenregister aus der alten Baumburger Orgel, nämlich ein Horn 8′ (anstelle der ursprünglich vorgesehenen Schalmey 4′) hinzufügte. Hier wurden nur die nötigsten Arbeiten durchgeführt, um die Orgel spielbar zu halten. Der verschlissene Spieltisch von 1948 wurde beibehalten, zeigt aber zunehmend Störanfälligkeit, daher sind eine erneute Restaurierung mit Erweiterung durch einen neuen fahrbaren Spieltisch, zwei bisher nicht vorhandene Schwellwerke und frei zuschaltbare Prinzipal- und Zungenreihen auf Einzeltonsteuerung geplant als Ergänzung zur historischen Orgel.

I Hauptwerk

II Oberwerk

P Pedal

Manualumfang: C–a‘‘‘ (58 Tasten), Pedalumfang: C-f‘ (30 Tasten); Normalkoppeln II/I, I/P und II/P,
1 freie Kombination, 1 freie Pedalkombination, Crescendo-Walze.